Java主线程结束后，子线程仍然可以继续运行。这是因为在Java程序中，主线程只是一个普通的线程，与其他线程没有本质区别。当主线程结束时，JVM并不会立即退出，而是会等待所有非守护线程（包括子线程）结束后才会退出。

如果子线程是非守护线程，且没有被显式地停止或者中断，那么它将继续运行直到完成其任务或者发生异常。如果子线程是守护线程，那么JVM会在主线程结束时自动将它停止。

需要注意的是，如果子线程依赖于主线程的某些资源或者状态，那么当主线程结束时可能会导致子线程出现意外行为或者异常。因此，在多线程编程中，需要仔细考虑线程之间的依赖关系和同步机制，以确保程序的正确性和稳定性。